La chiesa è un classico esempio di architettura in negativo, la sua pianta è di stile romanico a tre navate terminanti in absidi semicircolari. Probabilmente è stata realizzata a partire dall' XI secolo e nel corso del tempo è stata più volte rimaneggiata. La navata centrale ha una volta a capanna che è decorata con due ordini di archi, i grandi archi a simboleggiare le finestre come nello stile romanico e i piccoli archetti che invece simboleggiano il matroneo, posto che accoglieva le donne e dal quale prende appunto il nome architettonico (matroneo deriva da "matrona"). 

Nel 1674, data incisa sull'architrave dell'attuale ingresso, venne mutato l'asse della chiesa che subì una ruotazione di 90 gradi e dove nella nuova posizione fu collocato un altare in stile barocco.
Nel 1934 infine, a seguito della necessità di costruire la strada che congiungesse i due quartieri principali dei Sassi, la chiesa subì una vera e propria amputazione di parte della stessa e fu distrutto il collegamento originario con la soprastante chiesa di San Nicola dei Greci. 
Ci sono anche due affreschi rappresentanti due crocifissioni, di cui una è risalente al XVI secolo e l'altra al XIV secolo. Nella crocifissione più antica vi è una rappresentazione inusuale nella zona, ossia vi è la Vergine che volge le spalle al Cristo esaltandone il dolore della Madre.

In questo complesso rupestre ogni anno da ormai più di vent'anni il Circolo La Scaletta organizza mostre di arte contemporanea ospitando artisti di rilievo internazionale. Nel periodo estivo quindi questo complesso rupestre di Madonna delle Virtù e San Nicola dei Greci con annesso Monastero diventa tappa irrinunciabile dell'itinerario dei Sassi, lo splendore dei luoghi si unisce all'arte contemporanea affascinando incredibilmente il visitatore. Dal 18 Giugno al 9 Ottobre il complesso rupestre ha ospitato la personale dello scultore lombardo Francesco Somaini. Dal prossimo 8 settembre al 17 novembre 2012 il complesso rupestre riapre dopo il restauro conservativo per ospitare il "Periplo della scultura contemporanea 3".

Per visitare Madonna delle Virtù e San Nicola dei Greci contattare il circolo La Scaletta al numero:  335 8341414 oppure, in veste di socia del circolo, potete contattare direttamente me.