Anche dal punto di vista museale Matera si presenta molto ricca e completa. I musei più importanti sono sicuramente il Museo Archeologico Nazionale "Domenico Ridola" e l'area archeologica del villaggio neolitico sita in Murgia Timone, il museo Nazionale di arte medievale e moderna sito in Palazzo Lanfranchi e il meraviglioso Musma, ossia il museo di arte contemporanea di Matera.

Di notevole interesse anche il museo della civiltà contadina, il museo del vino, la raccolta delle acque piovane, gli esempi di casa grotta arredata presenti nei Sassi, i Sassi in miniatura e altre tappe che, tempo permettendo, consiglierei di visitare tutte.