La chiesa di Santa Maria de Armenis fa parte di un antichissimo cenobio benedettino di monaci armeni al quale fece visita nel 1094 papa Urbano II.

Una data storica per questa chiesa è il 1640 quando con la diffusione del culto per S. Francesco da Paola nella chiesa venne trasferita la confraternità laicale del santo paolano che rimase in sito fino al 1774, data in cui fu costruito il nuovo tempio. Cambiò destinazione d'uso in seguito fino a diventare una comune abitazione dei Sassi e fu abbandonata nel 1958 a causa dello sfollo degli stessi antichi rioni.

Il complesso rupestre si presenta oggi con una facciata in muratura in stile tardo romanico e si presenta suddivisa in tre navate divise da sontuosi pilastri dal quale nascono delle importanti arcate.

Custodita nella cripta vi era una statua di S. Maria di Costantinopoli, la quale fu fatta eseguire per il volere del vescovo De Querquis nel 1520 circa. Con la profanazione della cripta, la preziosa statua fu trasferita nella soprastante chiesa del Carmine. Si ricorda anche un San Nicola in pietra che da Venezia fu collocato qui grazie alla famiglia Copeti.